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    RT-PCR的無(wú)擴(kuò)增產(chǎn)物

    發(fā)布時(shí)間: 2023-06-30  點(diǎn)擊次數(shù): 803次

    可能原因 1:引物問題(包括:引物設(shè)計(jì)較差,引物合成較差,引物濃度太低)。

    解決方法:設(shè)計(jì)引物的時(shí)候,避免在引物 3'端含有互補(bǔ)序列;避免可以形成內(nèi)部發(fā)卡結(jié)構(gòu)的序列;設(shè)計(jì) Tm 類似的引物。針對(duì)引物合成的問題,用普通電泳法,看引物的設(shè)計(jì)和合成質(zhì)量,是否有目的條帶出現(xiàn)。最佳引物濃度介于 0.1μM 到 0.5μM 之間。

    可能原因 2:探針問題。

    解決辦法:就要用到我們前面提到的序列分析了。用 blast 對(duì)探針序列進(jìn)行比對(duì),設(shè)計(jì)符合要求的探針。

    可能原因 3:模板問題(包括:模板質(zhì)量不好,模板濃度太低)。

    解決方法:提高模板質(zhì)量。如果懷疑模板被 DMSO 等抑制劑污染了,堅(jiān)決采用乙醇沉淀;使用 104copy 的靶序列,然后在 25 到 30 個(gè)循環(huán)中獲得信號(hào)。

    可能原因 4:不明物干擾。

    解決辦法:做 RT-PCR 必須非常小心翼翼。對(duì) RT-PCR 的任何實(shí)驗(yàn)樣品或試劑,均應(yīng)采用“三無(wú)"離心管(即無(wú)菌無(wú)酶無(wú)熱源)進(jìn)行試劑的分裝和使用。

    可能原因 5:擴(kuò)增酶問題。

    解決辦法:不要省錢。買好的擴(kuò)增酶。分子生物學(xué)永遠(yuǎn)是一分價(jià)錢一分貨。推薦:選擇hot start Taq 酶進(jìn)行擴(kuò)增,可提高靈敏度,增加產(chǎn)量,降低干擾因素。



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