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【技術】教你如何達到提取RNA的最高境界!
發布時間: 2021-08-31 點擊次數: 3236次免除 RNase 的困擾
RNA 分子異常脆弱,很容易就會被無處不在的 RNase 降解,輕輕松松的就讓實驗人員的種種努力付之東流。尤其是當樣品極其稀少且珍貴時,RNA 的降解更是讓各位小伙伴們想自掛東南枝。因而 RNase 可謂是 RNA 提取的大敵,那么為了保護好 RNA 分子,就必須 把 RNase 給 KO 掉。
當然針對外來的敵人,只要注意這三個小細節,那么絕對可以克敵制勝。
(1)嚴格戴好口罩、手套。手指和呼吸是外源性 RNase 的主要來源,所以在提取 RNA 時,一 定全副武裝起來,才好擒獲 RNA 分子。
(2)實驗中所涉及的離心管、槍頭、移液器、實驗臺面一定要經過*處理。比如,離心管和槍頭要用 0.1%DEPC 浸泡后并高壓滅菌處理,移液器、實驗臺面要用 75%的酒精擦拭過, 玻璃器皿應在使用前用 180℃的高溫下干烤 6h 或更長時間。
(3)實驗所涉及的試劑/溶液,尤其是水,必須確保 RNase-Free。另外,還需要注意 RNA 的保存時間,一般 RNA 37℃穩定存放 1 天,25℃穩定存放一周,4℃可存放一個月或-20℃長期存放。
可是有時即便小伙伴已經如此小心翼翼了,RNA 分子仍會消失的無影無蹤,細究其原因,才發現竟是內源性 RNase 在搞鬼,這不禁讓人感嘆道,不是我們太粗心,實在是敵人太狡猾。為了打擊內源性 RNase 的囂張氣焰,我們只能千方百計的滅活內源酶,因而便誕生了以下三個妙招。
1、選擇合適的勻漿方法。新鮮樣品取材后應立即置于液氮中速凍,然后可移至-70℃冰箱中保存。在碾磨前,碾磨用具也必須預冷。在碾磨過程中,一邊碾磨,一邊補充液氮。樣品碾碎后,在液氮剛剛揮發完時,將樣品迅速轉移到含裂解液的容器中,立即混勻勻漿。
2、選擇合適的裂解液。現有市場上常用的裂解液幾乎都能抑制 RNase 活性。但是高內源酶含量的樣品,如肝臟、脾臟等組織,建議使用含苯酚的裂解液。苯酚的滅活內源酶的能力還是很強的。
3、控制好樣品的起始量。如果樣品的個頭太大,細胞中就會有些“漏網之魚"免于和裂解液接觸,致使 RNA 很快就會被內源酶降解。因而,起始量不要太大,如果組織塊過大,可以將切碎后再抽提 RNA。
明確抽提 RNA 的目的
一般,抽提 RNA 的目的無外乎有兩個。首先,最直接的目的就是要讓 RNA *地完整的釋放出來。此時對樣品的處理就至關重要,如果樣品是細胞,則無須破碎即可直接勻漿;如果是組織甚至器官,那就需要破碎后才能勻漿;如果是酵母菌和細菌,則需要先用相應的酶破壁后才能勻漿。
其次,RNA 在不同的實驗中其質量的要求是不一樣的,那么后續實驗就是我們必須要考慮的。通常 cDNA 文庫構建要求 RNA 完整而無酶反應抑制物殘留;Northern 對 RNA 完整性要求較高,對酶反應抑制物殘留要求較低;RT-PCR 對 RNA 完整性要求不太高,但對酶反應抑制物殘留要求嚴格。因而,不用每次實驗都以獲得最高純度的 RNA 為目的,從而造成不必要的浪費。
RNA 提取之疑難雜癥
1、RNA 產量低
2、OD260/OD280<1.6
3、基因組 DNA 污染
4、RNA 降解
5、下游的 RT-PCR 實驗不成功
RNA 電泳圖譜剖析
提取RNA后,為了更好的進行后續的實驗反應需要通過瓊脂糖電泳來判斷RNA質量的好壞。在此,將剖析電泳圖上的秘密,幫助大家提高 RNA 抽提的成功率。
1、RNA 條帶不亮或缺失
原因分析:(1)上樣量不足。(2)RNA 跑出凝膠。電泳至溴酚藍至凝膠的 2/3 即可停止電泳。(3)RNA 在凝膠中發生擴散。避免長時間的電泳,否則小片段容易擴散。(4)RNA 降解。最大限度減少在紫外線下暴露的時間,使用新鮮的電泳緩沖液、新制的凝膠,電泳槽及制膠的模具梳子等用雙氧水浸泡,高電壓短時間電泳(20min)。也可能使用的組織材料不夠新鮮(冷凍的材料必須在化凍之前將其磨碎)。
2、RNA 條帶彌散
原因分析:(1)RNA 被核酸酶降解。要用新的緩沖液,制膠用的模具要清潔,槍頭要滅菌。( 2)電壓過高造成電流過大所造成的。一般為 5—8V/cm。為了增加條帶的清晰度,電泳開始的幾分鐘建議使用低電壓。(3)上樣量過大。根據沉淀量的多少確定點樣的量,一般 1—3ul。
3、點樣孔發亮
原因解析:(1)上樣量過大。(2)膠孔未凝固好,使樣品無法往前移動。(3)RNA 樣品中含有污染物,如殘留的蛋白質容易引起此現象。可能 trizol 量太少,應加大 trizol 用量。另外若殘留 DNA 也應考慮加大 trizol 用量。
4. 出現多條帶
原因解析:(1)RNA 降解。提取過程中出現降解或電泳過程中出現降解(可能性較小)。(2) 上樣量過大。RNA 由多種類型組成,若上樣量過大則會導致各種類型的 RNA(tRNA,mRNA 等)均會出現條帶。
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